KOWR sprawuje nadzór właścicielski nad działalnością 31 spółek hodowli roślin i zwierząt o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej wyszczególnionych w Rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 25 lipca 2018 r. w sprawie wykazu jednoosobowych spółek hodowli roślin uprawnych lub hodowli zwierząt gospodarskich o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej (Dz. U. 2018 poz. 1525 z późn. zm.) W spółkach tych prowadzona jest hodowla twórcza i zachowawcza oraz gromadzony jest najcenniejszy materiał genetyczny roślin i zwierząt decydujący o postępie biologicznym. Dzięki temu polscy rolnicy mają dostęp do wysokiej jakości materiału nasiennego roślin i zarodowego zwierząt.
Bezpośredni nadzór nad tymi spółkami, w imieniu Krajowego Ośrodka Wsparcia Rolnictwa, sprawuje Departament Nadzoru nad Spółkami KOWR.
Ze względu na wiodący kierunek hodowli i rodzaj prowadzonych prac hodowlanych można wydzielić 3 grupy spółek:
Spółki nad którymi bezpośredni nadzór sprawuje KOWR mają do spełnienia zadania strategiczne. Muszą – z jednej strony wykonywać działania misyjne, natomiast z drugiej brać pod uwagę rachunek ekonomiczny. Innymi słowy, Spółki muszą być podmiotami spełniającymi ważne zadania z punktu widzenia polityki rolnej państwa, a przy tym muszą być także silne ekonomicznie, aby skutecznie pokrywać koszty hodowli.
Spółki te odgrywają wiodącą rolę w kreowaniu i upowszechnianiu postępu biologicznego w polskim rolnictwie, który jest obecnie uważany za najważniejszy czynnik oddziałujący na wzrost efektywności rolniczej, zarówno z punktu widzenia wzrostu ilości, jak i jakości produktów rolnych. Spółki KOWR dysponują cennym materiałem genetycznym roślin i zwierząt gospodarskich. Stanowi on bazę dla osiąganego postępu biologicznego, który w postaci nowych odmian roślin oraz kolejnych pokoleń zwierząt hodowlanych jest dostępny dla krajowego rolnictwa. Posiadanie tych zasobów stwarza warunki dla stabilizacji cen nośników postępu na rynku krajowym oraz zabezpiecza potrzeby polskiego rolnictwa w przypadku wystąpienia niekorzystnych zjawisk w skali międzynarodowej.
Od 1 listopada 2018 r. Departament Nadzoru nad Spółkami wykonuje prawa właścicielskie w Spółkach, w których zakupiono udziały lub akcje w ramach realizacji Ustawy o kształtowaniu ustroju rolnego (Dz.U.2020.1655).
Procentowy udział w kapitale zakładowym Spółek posiadany przez Krajowy Ośrodek Wsparcia Rolnictwa według stanu na dzień 28.02.2022 r.
| L.p. | Nazwa spółki | Udziały i Akcje posiadane przez KOWR |
| 1. | Stacja Hodowli i Unasienienia Zwierząt Sp. z o.o. | 0,57% |
| 2. | WIDAWA Sp. z o.o. | 100% |
| 3. | Gospodarstwo Agro-Turystyczne KUTY Sp. z o.o. | 46% |
| 4. | Wielkopolskie Centrum Hodowli i Rozrodu Zwierząt w Poznaniu z/s w Tulcach Sp. z o.o | 0,068% |
| 5. | VITRA TRADE Sp. z o.o. w likwidacji | 100% |
| 6. | Krajowa Spółka Cukrowa S.A. | 0,33% |
| 7. | PPZ "Trzemeszno" Sp. z o.o. | 0,096% |
| 8. | "WESOŁA" Sp. z o.o. | 100% |
| 9. | Terminal Intermodalny Bydgoszcz Emilianowo Sp. z o.o. | 88% |
| 10. | TDM "ARRTRANS" S.A. w likwidacji | 100% |
| 11. | Jurajski Agro Fresh Park S.A. | 67% |
| 12. | Wałbrzyska Specjalna Strefa Ekonomiczna "INVEST-PARK" Sp. z o.o. | 19% |
| 13. | EURO - PARK Ząbkowice Sp. z o.o. w organizacji | 84% |
