KOWR sprawuje nadzór właścicielski nad działalnością 41 spółek hodowli roślin i zwierząt o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej wyszczególnionych w Rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 25 lipca 2018 r. (Dz. U. z 2018, poz. 1525). W spółkach tych prowadzona jest hodowla twórcza i zachowawcza oraz gromadzony jest najcenniejszy materiał genetyczny roślin i zwierząt decydujący o postępie biologicznym. Dzięki temu polscy rolnicy mają dostęp do wysokiej jakości materiału nasiennego roślin i zarodowego zwierząt.
Bezpośredni nadzór nad tymi spółkami, w imieniu Krajowego Ośrodka Wsparcia Rolnictwa, sprawuje Departament Nadzoru nad Spółkami KOWR.
Ze względu na wiodący kierunek hodowli i rodzaj prowadzonych prac hodowlanych można wydzielić 3 grupy spółek:
Spółki nad którymi bezpośredni nadzór sprawuje KOWR mają do spełnienia zadania strategiczne. Muszą – z jednej strony wykonywać działania misyjne, z drugiej zaś brać pod uwagę rachunek ekonomiczny. Innymi słowy, muszą być podmiotami spełniającymi ważne zadania z punktu widzenia polityki rolnej państwa, a przy tym muszą być także silne ekonomicznie, aby skutecznie pokrywać koszty hodowli.
Spółki te odgrywają wiodącą rolę w kreowaniu i upowszechnianiu postępu biologicznego w polskim rolnictwie, który jest obecnie uważany za najważniejszy czynnik oddziałujący na wzrost efektywności rolniczej, zarówno z punktu widzenia wzrostu ilości, jak i jakości produktów rolnych. Spółki KOWR dysponują cennym materiałem genetycznym roślin i zwierząt gospodarskich. Stanowi on bazę dla osiąganego postępu biologicznego, który w postaci nowych odmian roślin oraz kolejnych pokoleń zwierząt hodowlanych jest dostępny dla krajowego rolnictwa. Posiadanie tych zasobów stwarza warunki dla stabilizacji cen nośników postępu na rynku krajowym oraz zabezpiecza potrzeby polskiego rolnictwa w przypadku wystąpienia niekorzystnych zjawisk w skali międzynarodowej.
